考古科学重点实验室属于新组建的综合交叉领域应用基础研究类型的重点实验室，将以文明的起源模式和发展历程为重大科学问题，以“深入了解中华文明五千多年发展史”作为实验室最核心、最急迫的重大科学攻关任务，致力于为解决该重大任务提供“科学技术的新手段新工具”，并在研究过程中通过一系列的关键技术升级改造，突破现代科学技术手段应用于考古学研究的技术瓶颈，更好地回答“中华文明起源、形成、发展的基本图景、内在机制以及各区域文明演进路径等重大问题”。根据解决这一重大科学问题，实验室设置考古年代学、环境和生业考古学、生物考古学、考古材料学等四个主攻方向。
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